Название города происходит от молдавского «слобозь» (рус. «слобода»). Основание Слободзеи относят к концу XVII — началу XVIII вв. В 1768 году, во время русско-турецкой войны село Слободзея, как и другие окрестные села левобережья были сожжены и разграблены. В 1787 году село — центр правления Черноморского казачьего войска. В то время Слободзея представляла собой земляную крепость с деревяным собором внутри, а также арсеналом и складами. В 1792 году в Слободзеи была выстроена Михайловская каменная церковь. В 1793 году в селе насчитывалось 134 двора с населением мужского пола — 421, женского — 349. В 1809 году была построена новая Михайловская церковь (реконструированная и ныне действующая). К 1863 году — одно из самых больших селений Тираспольского уезда Херсонской губернии: 648 дворов, пять тысяч жителей (молдаване и великороссы), две православные церкви, школа, базар раз в две недели, лавки, волостная вспомогательная касса, основанная в 1848 году.
К 1907 году в Слободзее — 2202 двора, в которых проживает 12 761 житель, в этом числе мужского пола — 6371 и женского пола — 6390. Население занималось преимущественно виноградарством, рыболовством, торговлей, землепашеством. Село состояло из двух частей (обществ): русской и молдавской. Жители — бывшие государственные крестьяне: великороссы, молдаване и малороссы. В селе — волостное правление, сельский староста и писарь отдельно на молдавскую и русскую части, волостная ссудо-сберегательная касса, 48 десятских, квартальный урядник, два стражника, два православных храма, школы — земская и церковно-приходская.
В феврале-марте 1920 года в Слободзее установлена советская власть. К концу 1933 года практически все крестьяне Слободзеи были объединены в мелкие хозяйства. В селе Слободзея Молдавская в это время действовали колхозы имени Чапаева, Калинина и Красный Партизан. В селе Слободзея Русская — колхоз «Политотдел». Создание Слободзейской машинотракторной станции (МТС), оказывавшей помощь техникой колхозам в обработки земли, и строительство Карагашской оросительной сети позволило значительно увеличить объем сельскохозяйственного производства. До 1940 года село в составе Тираспольского района Молдавской автономной ССР. Во время Великой Отечественной войны румынские оккупационные власти включили село Слободзея в состав «губернаторства Транснистрия», жудец Тираспол.
В 1951—1956 годах все колхозы Слободзеи Молдавской были объединены в колхоз имени Сталина, в последствии колхоз 1 мая, колхозы Слободзеи Русской, объединены в колхоз «XX партсъезд». Указом Президиума Верховного Совета Молдавской ССР от 3 июня 1958 года Слободзейский район был упразднен и образован Тираспольский район с центром в городе Тирасполе. Постановлением Президиума Верховного Совета МССР от 21 июня 1971 года Тираспольский район был упразднен, а на его базе созданы Григориопольский и Слободзейский районы. Административным центром Слободзейского района вновь стало Слободзея молдавская часть.
Президиум Верховного Совета МССР 28 января 1972 года своим решением объединил сельские Советы Слободзея молдавская часть и Слободзея русская часть в одно село Слободзея и отнес его к категории поселков городского типа.
17 июля 2002 года решением Верховного Совета ПМР Слободзея становится городом.
